統計ソフトウェア Rのパッケージ ggmcmcは, rstan, rjags rbugs などの MCMCによる推定をするパッケージの収束の様子を trace plot などとして可視化するためのもの.
Mac macOS OS X の R で使ったところ, こうなった.
fit<-rstan(file="model.stan) ggmcmc(ggs(fit)) > ... grid.Call.graphics(L_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, でエラー: フォントタイプが不正です
ああ, ggmcmc は ggplot2 を使ってるから, Mac ではフォント設定に注意ね.
fit<-rstan(file="model.stan) theme_set(theme_bw(base_family="HiraKakuProN-W3")) quartz(type="pdf",file="plot.pdf") ggmcmc(ggs(fit)) dev.off() > ... grid.Call.graphics(L_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, でエラー: フォントタイプが不正です
あれっ変わらないってどういうこと?
実は, ggmcmcは独自のグラフィックスドライバ(不正確な用語でしょう)を持っているので, 上のようにしても, themeやquartzの設定と無関係に, 独自のドライバで ggmcmc-output.pdf に書こうとしちゃうとのこと. その過程に対してフォント指定できてないからエラーになるのね. file=NULLで明示的に無効化しないといけない.
fit<-rstan(file="model.stan) theme_set(theme_bw(base_family="HiraKakuProN-W3")) quartz(type="pdf",file="plot.pdf") ggmcmc(ggs(fit),file=NULL) ##### 変更行 dev.off() pdf 2